明崇祯十三年（1640）正月十三，在湖广巡抚任上的方孔炤遭人挟私报复，被逮入狱，将处以死刑。三月，于上一年中举的方以智上《请代父罪疏》，详细解释事情原委，请求代父受死。崇祯考虑方以智殿试在即，拒绝了请求。三月二十日进士及第后，方以智怀血疏于朝门外请求百官代为上达，至崇祯十四年七月，终于感动崇祯，释放方孔炤。崇祯帝感叹：“求忠臣必于孝子之门！”史实证明，崇祯没看错人。
方以智为臣下忠，主要体现在三件事：拒降农民军，拒降清廷，自沉惶恐滩。
崇祯朝，翰林院检讨方以智积极建言献策，多得崇祯褒奖。崇祯帝自缢后，方以智哭灵于东华门，并投井，未成功。崇祯十七年（1644）三月二十三日，方以智被农民军俘获，始终不肯投降，备受拷掠，以致两个脚踝骨都裸露在外。四月十二日夜间，伺机得以逃脱。
南明永历小朝廷苟延残喘，在清军的凌厉攻势下节节败退。因拥戴永历帝即位有功，方以智官拜东阁大学士，但屡遭排挤、打压，有志不得伸展。为躲避搜捕，永历四年（1650）方以智改易名姓，逃入深山，躲在当地士绅家。后被人举报，为不牵连他人，方以智剃发披缁，主动来到清军将领马蛟麟帐前。面对被逼迫出仕，方以智毫无惧色，宁可选择受死。马蛟麟见劝降无望，应允方以智逃禅。
方以智先后住持过多家寺院，讲学交游频繁，暗中从事反清活动。其间，清廷两次征召，均被方以智以出家为词推脱。清康熙十年（1671）年春，方以智牵涉进反清事件“粤案”中。当时有人劝他远走避祸，他坚决拒绝，毅然自投庐陵监狱，于是被作为政治要犯，解往南昌，后又转解广东，途中自沉于江西万安的惶恐滩。
方以智曾这样规划自己的人生：用五年时间将诗词文赋的创作水平提升到一定高度；以十年时间为国家建功立业；再以十五年时间攻读经史，考古究今；五十岁以后专心学《易》。
方以智精诗词歌赋，擅书画琴棋，通医卜星相，学识渊博，思想精深博通，集前贤之大成，开后世之先河。特别需要指出的是，方以智通晓中国传统自然科学和当时刚传入的西方近代科学，如早年曾向西洋传教士毕芳方济请教宗教与西学，晚年与汤若望讨论历法。方以智在哲学、天文、物理、医学、语言、文学等诸多领域，均有卓越的建树，其思想高度、学术贡献以及由此而确立的历史地位，皆足以与顾炎武、黄宗羲、王夫之相并峙，被誉为“中国十七世纪罕见的百科全书派大哲学家”，“是中国十七世纪时代精神的重要的侧面”，是中华优秀传统文化最杰出人物之一。
方以智一生著述极其宏富，近200种。然而由于其明遗民身份以及清廷文字狱的残酷，其著作多遭禁毁。三百年来，除《通雅》《物理小识》流行较广、《药地炮庄》间有流传外，一些著述散佚湮没，幸得方氏后人以家传抄本形式世代珍藏，一脉孤悬，不绝如缕。新中国成立后，方以智十一世孙方鸿寿先生将历尽千辛万苦保存下来的稀世孤本，捐赠给政府。经过三十多年坚持不懈的努力，《方以智全书》终于出版。《方以智全书》系方以智著作第一次全面系统校点整理出版，收录方以智著述36种，其中20余种三百多年来从未刊行。《方以智全书》深入挖掘、整理、保护、传承和发展中华优秀传统文化，具有重要的思想价值、学术价值、艺术价值、出版价值和重大文化积累价值。
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